PSM FMIPA USK dipimpin oleh seorang ketua program studi yang dibantu oleh sekretaris program studi yang dipilih setiap 4 tahun sekali. Ketua dan sekretaris PSM membawahi tiga koordinator yang mengurusi bidang-bidang tugas yang khusus, yaitu: Koordinator Bidang Akademik, Koordinator Bidang Perencanaan, serta Koordinator Bidang Kemahasiswaan. Dalam menjalankan visi dan misinya, PSM didukung oleh 5 peer group, yaitu Matematika Murni, Pembelajaran Matematika, Aplikasi Dinamis dan Optimasi (ADO), Etnomatematika, dan Matematika Aktuaria.
Evaluasi internal secara periodik dimotori oleh TPMA, SJMF, dan BJM. Assesment eksternal dilakukan melalui FGD yang melibatkan berbagai stakeholders. Mekanisme balikan bagi mahasiswa dilakukan melalui beberapa metode, seperti open talk, dan kuesioner.